Di tepian Sungai Segah, berdiri sebuah jejak sejarah Kesultanan Gunung Tabur. Bangunan berwarna kuning berarsitektur tradisional ini bernama Museum Batiwakal. Di sinilah sejarah Berau bisa kita telusuri.
Kabupaten Berau berasal dari Kesultanan Berau yang didirikan sekitar abad ke-14. Menurut sejarah Berau, Raja pertama yang memerintah bernama Baddit Dipattung dengan gelar Aji Surya Nata Kesuma dan istrinya bernama Baddit Dikurindan dengan gelar Aji Permaisuri. Pusat pemerintahan kerajaan pada awalnya berkedudukan di Sungai Lati.
Aji Suryanata Kesuma menjalankan masa pemerintahannya tahun 1400 - 1432 dengan adil dan bijaksana, sehingga kesejahteraan rakyatnya meningkat. Pada masa itu dia berhasil menyatukan 7 wilayah yaitu Banua L'ati, Banua Merancang. Banua Kuran, Banua Pantai, Banua Sewakung, Banua Bulalung dan Banua Bunyut
Di samping kewibawaannya, kedudukan Aji Suryanata Kesuma juga sangat berpengaruh, menjadikan dia disegani lawan maupun kawan. Untuk mengenang jasa Raja Berau yang pertama ini, Pemerintah telah mengabadikannya sebagai nama Korem 091 Aji Raden Surya Nata Kesuma yang Rayon Militer Kodam VI/TPR.
Setelah beliau wafat, pemerintahan kesultanan Berau dilanjutkan oleh putranya dan selanjutnya secara turun temurun keturunannya memerintah sampai pada sekitar abad ke-17. Kemudian awal sekitar abad XVIII datanglah penjajah Belanda memasuki kerajaan Berau dengan berkedok sebagai pedagang (VOC).
Namun kegiatan itu dilakukan dengan politik De Vide Et Impera (politik adu domba). Kelicikan Belanda berhasil memecah belah Kerajaan Berau, schingga kerajaan terpecah menjadi 2 kesultanan yaitu Kesultanan Sambaliung dan Kesultanan Gunung Tabur.
Pada saat bersamaan masuk pula ajaran agama Islam ke Berau yang dibawa oleh
Imam Sambuayan dengan pusat penyebarannya di sekitar Sukan. Sultan pertama di Kesultanan Sambaliung adalah Raja Alam yang bergelar Alimuddin (1800 - 1852).
Raja Alam terkenal pimpinan yang gigih menentang penjajah belanda. Raja Alam pernah ditawan dan diasingkan Ke Makassar (dahulu jung Wandang). Untuk mengenang jiwa patriot Raja Alam namanya diabadikan menjadi Batalyon 613 Raja Alam yang berkedudukan di Kota Tarakan.
Sedangkan Kesultanan Gunung Tabur sebagai Sultan pertamanya adalah Sultan
Muhammad Zainal Abidin (1800 - 1833) Keturunannya meneruskan pemerintahan hingga kepada Sultan Achmad Maulana Chalifatullah Djalaludin (wafat 15 April
1950) dan Sultan terakhir adalah Aji Raden Muhammad Ayub hingga tahun 1960 yang kemudian dilantik jadi Bupati pertama Kabupaten Berau. Di mana wilayah Kesultanan tersebut menjadi bagian dari Kabupaten Berau.
Semua peninggalan dan jejak peradaban kota ini tersimpan baik di Museum Batiwakal, mulai dari singgasana raja, mahkota, perkakas rumah tangga, meriam yang digunakan sebagai alat pertahanan hingga alat untuk menggendong bayi di masa lalu.
